Цепочка романтических событий продолжилась в 1854 году, когда здесь построили первый на всем западном побережье США маяк, а в последующие годы остров укрепили фортом. В период гражданской войны сооружение подверглось некоторым  метаморфозам – в 1861 году оборудовали тюрьму для солдат. 
В начале XX века сооружение получает статус федеральной тюрьмы особого режима – сюда обычно попадали за плохое поведение заключенные из других тюрем и самые опасные преступника США: Аль Капоне и Келли Барнс. 
Начальником был строгий, но достаточно гуманный человек – Джейм А. Джонстон. Он был убежден, что из заключенных сделать человека сможет только труд – задержанные работали каждый день. 
Если бы обитатели Алькатраса могли вести ежедневник, то распорядок дня они прописали бы такой: 
6:30 – в это время необходимо было встать, прибрать камеру и подойти к решетке;
6:55 – постепенно каждая камера открывалась и заключенные стройными рядами отправлялись на утреннею трапезу; 
7:15 – раздача тюремных работ.
После чего каждый расходился делать то, что назначили – вернуться в камеру можно было лишь под вечер. 
Вместо заработной платы «выдавались» привилегии, либо сокращался срок. «Бонусами» являлись посещение библиотеки, возможность писать письма на родину, общение с посетителями – заслужить такие «ценности» было сложно, а лишиться легко (за любую провинность).
 
Джонстоном пытался ввести «политику тишины» - жесткий метод подразумевал жизнь без каких-либо звуков. Говорят, от такого некоторые сходили с ума. 
Попытки побега (чего греха таить) были, однако ни одно из них не увенчалось успехом. 
Тюрьма была закрыта 21 марта 1963 года. Причина – на обслуживание тюрьмы требовались большие деньги. В наше время здесь открыт музей.  
Во время экскурсионной программы туристы смогут рассмотреть «жилье», которое предлагалось провинившимся, а также пройти по Бродвею – нет, это не та всемирно известная улица Нью-Йорка, «местные жители» так прозвали главный коридор тюремного корпуса. 
Несколько фильмов было снято на территории Алькатраса о жизни заключенных – эксперты утверждают что экранные события немного преувеличены. 
    






