Открыта пещера в 1964 г., однако обстоятельства ее открытия до сих пор точно неизвестны. Всего на этом склоне располагается три пещеры, первая из которых была известна еще в дореволюционное время. Считается, что Музейную показал ученым местный житель, однако не совсем понятно, почему он не рассказал о третьей пещере – Верхнекаракольской, ведь она всего на 20 м выше Музейной!
Как бы то ни было, но с самого открытия Новокаракольская (второе имя пещеры) считалась самой красивой и самой большой. В настоящее время у нее появились серьезные конкуренты, но Музейная все равно притягивает сотни туристов каждый год.
Пещера имеет шесть залов с говорящими названиями - Вестибюльный, Глиняный, Скелетный, Конференц-зал, Саркофагный и Музейный – их разделяют низкие и узкие проходы.
Уникальность Музейной заключается в том, что внутри она хранит очень редкий и красивый вид сталактитов – длинные (до 25 см), хрупкие и пустотелые трубочки, тонкие стенки которых напоминают поперечный срез стебля зрелой пшеницы. Кроме того, на глубине 15 м создался такой микроклимат, что легко образуются причудливые ледяные образования. Примечателен также Глиняный грот: в нем можно увидеть подземные цветы – игольчатые ледяные кристаллы с тонкой шапкой из красноватой глины. Такое чудо можно встретить только под землей.
А вообще в Музейной куча интересных образований - конусообразные, трубчатые и сферические сталактиты, кустистые кораллообразные сталагмитами и другие. Максимальная глубина пещеры – 30 м, а общая протяженность туннелей – 850 м.
